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Cuando estás utilizando SMP (MultiProcessing simétrico) puede ser que desees eliminar un proceso del núcleo y atar cierto proceso a una CPU específica. La afinidad de la CPU no es nada sino una característica del planificador que los “enlaces”, un proceso a un sistema dado de CPU en el sistema de SMP. Con la ayuda de utilidades del planificador de Linux puedes instalar la afinidad del procesador para una cierta tarea o proceso. El planificador procura guardar procesos en la misma CPU mientras sea práctico por razones del funcionamiento. Por lo tanto, forzar una afinidad específica de la CPU es útil en ciertos usos.

http://www.cyberciti.biz/tips/setting-processor-affinity-certain-task-or-process.html